שמירה על ניקיון האקווריום מחייבת שימוש קבוע בסוגים שונים של פילטרים מתאימים.
יש בנמצא פילטרים חיצוניים ויש בנמצא גם פילטרים פנימיים שיכולים להתאים במקרים מסוימים.
חשוב לשים לב לאפשרות הניקוי של הפילטר שצריך לבצע מעת לעת. דגמי פילטרים טובים יאפשרו ניקוי קל ויש גם סוגים שבהם ניתן להוסיף פחם.
נוסף על כך יש דגמי פילטר עם מערכת UV מובנית.
